大規模城市微生物監測 《Cell》:全球各城市都具獨特微生物「指紋」

2021/05/27
大規模城市微生物監測 《Cell》:全球各城市都具獨特微生物「指紋」
美國威爾康奈爾醫學院(Weill Cornell Medicine)的遺傳學家Christopher E. Mason,自2015年的研究揭示紐約市地鐵系統中存在大量未知微生物後,近(26)日,Mas
美國威爾康奈爾醫學院(Weill Cornell Medicine)的遺傳學家Christopher E. Mason,自2015年的研究揭示紐約市地鐵系統中存在大量未知微生物後,近(26)日,Mason和數十位研究者合作發表全球60個城市的地鐵、公車、高架火車和輕軌等交通系統的研究,發現數千種新病毒與細菌,並發現每個城市都有獨特的微生物「指紋」。該研究發表於《Cell》。

研究人員以交通系統中常見的物體為採集對象,擦拭長椅、旋轉柵門、售票機等3分鐘以蒐集足夠的DNA。在實驗室分析後,發現約1.1萬種病毒和1千3百種細菌的新物種。

研究人員還發現97%的樣本中,都存在特定的31種物種,稱作「核心」的城市微生物,此外,有1145種物種在70%以上的樣本出現。

同時,研究人員也發現一些不普遍的物種,使得每個城市具有獨特的微生物群,研究人員可以以88%的準確率預測隨機樣本來自哪個城市。舉例來說,紐約市有大量的豬油桿菌(Carnobacterium inhibens),這是一種會生產乳酸且非常耐低溫的細菌。Mason說,隨著更多研究,獨特的城市微生物「指紋」,將來可能可用於刑事偵辦。

針對抗藥性基因的分析,Mason表示,交通系統樣本中的抗生素抗藥性基因,遠遠低於人類腸道或醫院的樣本。

沒有參與此項研究的科羅拉多大學波德分校微生物學家Noah Fierer指出,這項研究的可貴不在於它的發現,而是其開放資料,這使其他研究者有機會深入探究新的問題,

Mason認為,大眾交通系統中尚未被探索且驚人的生物多樣性,令人敬畏和興奮,大規模的監測城市微生物將會是公共衛生的福音,可以幫助研究人員及早發現新出現的病原體。

參考資料:
1.https://www.sciencemag.org/news/2021/05/cities-have-their-own-distinct-microbial-fingerprints
2.研究開放資料:metagraph.ethz.ch
3.論文:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00585-7

(編譯/劉馨香)