林清詠:全球新冠病毒可分八大類 感染越多、時間越長變異越高

2020/04/30
林清詠:全球新冠病毒可分八大類 感染越多、時間越長變異越高
今(30)日,由科技部補助臺大全幅健康照護子中心主辦的《TAIWAN is Helping :全方位AI x防疫線上論壇》。邀請圖策智能(Graphen)林清詠分享,如何利用人工智慧工具監控COVID

今(30)日,由科技部補助臺大全幅健康照護子中心主辦的《TAIWAN is Helping :全方位AI x防疫線上論壇》。邀請圖策智能(Graphen)林清詠分享,如何利用人工智慧工具監控COVID-19病毒演化。

3月中旬,林清詠即透過AI數據分析工具繪製「COVID-19基因演化路徑分析」,目前已完成全球超過12,294病毒株基因序列比對。

林清詠說,COVID-19病毒基因組可產生26個蛋白,每個蛋白就像一個零件,各有各功能,當基因變異就會影響蛋白質轉譯,零件改變也會使病毒產生不同功能,因此基因變異至關重要。

根據12000多株新冠病毒株大致可分八大類(圖片來源:Graphen)

從去年12月開始病毒演化樹不斷擴大,根據目前12,294病毒株基因序列比對,大致上可以把病毒分成八大類(A1、A2、B、C、D、E、F、G、H)。

而新冠病毒起源在哪裡如何變異,據本刊進一步訪問,林清詠說明表示,A1和A2是最早某篇中國論文提到的L型和S型。A1比較集中在武漢,A2則是分佈在中國各地武漢及江西,山東,浙江等地,這兩株病毒株分開的時間很早,其他病毒都是他們各自的後代,所以應該是這個病毒的最早變異。

但因為武漢的病毒資料太少,A1或A2哪個才是最早的變異,還需要更多的資料才能判斷,他也表示無論如何,病毒始於中國應該是明顯的,除非以後有很多早期資料公佈。

林清詠透過數據分析工具也看出八大類病毒如何侵略世界,他表示,一開始傳播最快、感染最多的是B類的病毒,隨時間推移A、F、D、E、C、G、H變異病毒接連出現,但隨著疫情不斷在各地大爆發,原本進展最快、感染最多的B類病毒也被最後出現的H病毒追上。

 

八支病毒大軍在各國席捲時間與變異特徵。(圖片來源:Graphen)

H病毒為目前美國東岸主要的感染病毒株,從演化樹可看出該變異株來自法國,其特徵是S蛋白與ORF3蛋白變異,ORF3的功能在於把宿主細胞膜戳破,讓複製的病毒外傳。林清詠也很驚訝,因為目前尚未在其他地方看到,像席捲紐約的H病毒株,「純度」達85%的現象,而變異可能是讓H病毒比其他類型散播速度更快、更猛的原因。

林清詠也從中也發現COVID-19的病毒,是隨著感染者增加、時間拉長,變異也不斷提高。

現在Graphen在官網上(https://www.graphen.ai/covid/types.html)也將各類病毒在不同地區的進程可視化,透過點選州、國家、地區或城市,可觀察不同區域被病毒攻陷狀況。

林清詠說消化文獻、資料都是AI可做的,Graphen的目標是希望透過AI技術解決人類難題。